Biota laut yang dilindungi adalah hewan – hewan laut yang tidak boleh ditangkap. Alasan hewan – hewan tersebut tidak boleh ditangkap dikarenakan hewan – hewan tersebut sudah mulai terancam punah seperti Dugong, Penyu, Paus dan Lumba – Lumba, hewan – hewan tersebut sudah tertuang dalam peraturan pemerintah nomor 7 tahun 1999. Sudah 18 tahun peraturan ini disahkan, Namun di Indonesia masih banyak nelayan yang masih menangkap hewan – hewan tersebut.
Di Lingga Dugong masih ditangkap dan dikonsumsi oleh masyarakat, di Sumba Timur masih banyak dijumpai telur penyu & souvenir – souvenir dari karapas penyu. Kurangnya pengetahuan nelayan atau masyarakat pesisir akan pentingnya menjaga kelestarian biota laut yang dilindungi membuat nelayan mengeksploitasi hewan – hewan itu, sehingga membuat kepunahan hewan – hewan tersebut. Adanya upaya dari pemerintah untuk menghimbau nelayan atau masyarakat pesisir untuk tidak menangkap hewan – hewan yang dilindungi sehingga jika hewan tersebut tertangkap ataupun terjerat di jaring nelayan, nelayan pun bersedia melepaskan hewan itu kembali ke alamnya.
Akan tetapi pada pengaplikasiannya, masih terdapat beberapa oknum yang tidak mengindahkan himbauan yang diserukan oleh pemerintah. Hal ini dapat dilihat dari beberapa kasus yang terjadi di pulau Natuna pada bulan Desember 2017. Salah satunya penangkapan dugong spesies Dugong dugon yang ditangkap oleh masyarakat sekitar secara beramai – ramai yang kemudian di bagikan guna keperluan konsumsi.
“ daging dugong itu rasanya manis apabila di konsumsi. Selain rasanya yang manis, kandungan proteinnya juga sangat tinggi dan harga jual kepasar juga sangat lumayan untuk kategori kami sebagai nelayan pesisir “ ucap Rusdi sebagai salah satu warga setempat, Jum’at ( 15/12/17 ).
Selain eksploitasi dugong dikawasan Natuna terdapat juga berupa eksploitasi penangkapan ikan yang menggunakan pukat harimau. Dimana penggunaan pukat harimau sangat dilarang oleh pemerintah. Hal ini dikarenakan dengan melakukan penangkapan menggunakan pukat harimau dapat merusak ekosistem yang ada, terutama ekosistem terumbu karang yang pertumbuhannya sangat sulit dan biasanya selalu terjadi coral bleaching ( pemutihan karang ).
Penggunaan pukat harimau biasanya dipakai oleh masyarakat pesisir yang minim akan pengetahuan mengenai alat tangkap yang aman dan ramah lingkungan. Selain pukat harimau masyarakat pesisir juga biasanya menggunakan bom rakitan dimana penggunaan tersebut dapat merusak seluruh ekosistem dan kwalitas perairan di wilayah tersebut.
Biasanya hal ini digunakan oleh nelayan guna memaksimalkan hasil tangkapan mereka supaya dapat menambah pundi – pundi perekonomian. Bom rakitan biasanya di pakai di kawsan pesisir timur, tepatnya di wilayah pantai jember. Hal ini dikarenakan para pesisir nelayan mengejar target penangkapan guna penyetoran terhadap sebuah pabrik. Guna mencegah terjadinya kerusakan baik biota, ekosistem maupun perairan diperlukannya kerjasama antar sesama elemen/jajaran guna tercapaianya tujuan tersebut. Upaya pencegahan dapat berupa pendidikan/pelatihan terhadap masyarakat mengenai alat tangkapan dan tata cara penangkapan yang benar dalam bentuk sosialisasi dan pelaksaan kelapangan.
